F i g u r e 4 A 2 p r o v i d e s a t w o d i m e n s i o n a l v i e w o f t h e b i n d i n g s e c t i o n w h e r e 1 8 a m i n o a c i d s o f t h e E 2 g l y c o p r o t e i n i n t e r a c t w i t h t h e p o r p h y r i n A n a l y s i s o f e n v e l o p e p r o t e i n a d o p t e d t h e s a m e m e t h o d s T h e t e m p l a t e 5 x 2 9 1 A w a s s e l e c t e d a s t h e 3 D s t r u c t u r e t e m p l a t e o f e n v e l o p e p r o t e i n F i g u r e 3 B D i s c o v e r y S t u d i o f o u n d s e v e r a l k i n d s o f d o c k i n g o f t h e e n v e l o p e p r o t e i n a n d t h e p o r p h y r i n w h e r e t h e d o c k i n g p o s e w i t h t h e h i g h e s t b i n d i n g e n e r g y 2 1 9 3 1 7 7 6 k c a l m o l w a s c h o s e n F i g u r e 4 B 1 s h o w s t h e d o c k i n g r e s u l t w h i c h i s t h e m o l e c u l a r m o d e l o f e n v e l o p e p r o t e i n b i n d i n g t o t h e p o r p h y r i n F i g u r e 4 B 2 i s t h e t w o d i m e n s i o n a l v i e w o f t h e b i n d i n g s e c t i o n w h e r e 1 8 a m i n o a c i d s o f t h e e n v e l o p e p r o t e i n i n t e r a c t w i t h t h e p o r p h y r i n S a m e m e t h o d s w e r e u t i l i z e d t o a n a l y z e t h e n u c l e o c a p s i d p h o s p h o p r o t e i n T h e t e m p l a t e o f t h e n u c l e o c a p s i d p h o s p h o p r o t e i n w a s 1 s s k 1 A F i g u r e 3 C D i s c o v e r y S t u d i o p r o v i d e s t h e d o c k i n g b e t w e e n t h e n u c l e o c a p s i d p h o s p h o p r o t e i n a n d t h e p o r p h y r i n w i t h t h e h i g h e s t b i n d i n g e n e r g y 1 5 5 3 2 5 0 6 5 3 k c a l m o l F i g u r e 4 C 1 s h o w s t h e d o c k i n g r e s u l t w h i c h i s t h e m o l e c u l a r m o d e l o f t h e n u c l e o c a p s i d p h o s p h o p r o t e i n b i n d t o t h e p o r p h y r i n F i g u r e 4 C 2 i s t h e t w o d i m e n s i o n a l v i e w o f t h e b i n d i n g s e c t i o n w h e r e 2 2 a m i n o a c i d s o f t h e n u c l e o c a p s i d p h o s p h o p r o t e i n a r e b o u n d t o t h e p o r p h y r i n M e m b r a n e p r o t e i n i s d e r i v e d f r o m t e m p l a t e s 1 z v a 1 A T h e d o c k i n g o f m e m b r a n e p r o t e i n w i t h h e m e a n d p o r p h y r i n f a i l e d T h e s e r e s u l t s s i g n a l t h e s u r f a c e g l y c o p r o t e i n e n v e l o p e p r o t e i n a n d n u c l e o c a p s i d p h o s p h o p r o t e i n c o u l d b i n d t o t h e p o r p h y r i n t o f o r m a c o m p l e x I t w a s f o u n d t h e b i n d i n g e n e r g y o f e n v e l o p e p r o t e i n w a s t h e l o w e s t t h e b i n d i n g e n e r g y o f E 2 g l y c o p r o t e i n w a s t h e h i g h e s t a n d t h e b i n d i n g e n e r g y o f n u c l e o c a p s i d p h o s p h o p r o t e i n w a s m e d i u m I t m e a n s t h a t b i n d i n g E 2 g l y c o p r o t e i n t o t h e p o r p h y r i n i s t h e m o s t s t a b l e t h e b i n d i n g o f n u c l e o c a p s i d p h o s p h o p r o t e i n t o t h e p o r p h y r i n i s u n s t a b l e a n d b i n d i n g e n v e l o p e p r o t e i n t o t h e p o r p h y r i n i s t h e m o s t u n s t a b l e A f t e r t h a t t h e f o l l o w i n g a n a l y s i s w a s c a r r i e d o u t t o d i s c o v e r w h e t h e r s t r u c t u r a l p r o t e i n s a t t a c k e d t h e h e m e a n d d i s s o c i a t e t h e i r o n a t o m t o f o r m p o r p h y r i n s H e m e h a s a n o x i d a s e c a l l e d h e m e o x i d a s e w h i c h o x i d i z e s h e m e a n d d i s s o c i a t e s t h e i r o n i o n I f s t r u c t u r a l p r o t e i n s c o u l d a t t a c k h e m e a n d d i s s o c i a t e i r o n i o n s i t s h o u l d h a v e a s i m i l a r c o n s e r v e d d o m a i n a s a h e m e o x i d a s e M E M E s o n l i n e s e r v e r w a s m a n i p u l a t e d t o s e a r c h f o r c o n s e r v e d d o m a i n s o f s t r u c t u r a l p r o t e i n s a n d h e m e o x i d a s e p r o t e i n s N P 0 0 2 1 2 4 1 h e m e o x y g e n a s e 1 B A A 0 4 7 8 9 1 h e m e o x y g e n a s e 2 A A B 2 2 1 1 0 2 h e m e o x y g e n a s e 2 A s a r e s u l t c o n s e r v e d d o m a i n s o f s t r u c t u r a l p r o t e i n s w e r e n o t f o u n d F i g u r e 5 C o m b i n i n g t h e r e s u l t s o f t h e p r e v i o u s a n a l y s i s t h a t i s s t r u c t u r a l p r o t e i n s c o u l d o n l y c o m b i n e w i t h t h e p o r p h y r i n I t c a n b e p o s s i b l e t o i n f e r t h e s t r u c t u r a l p r o t e i n s d i d n o t a t t a c k h e m e a n d d i s s o c i a t e t h e i r o n a t o m t o f o r m t h e p o r p h y r i n