I n h u m a n s h e m o g l o b i n c a n b e d e g r a d e d i n t o g l o b i n a n d h e m e H e m e i s c o m p o s e d o f a p o r p h y r i n a n d a n i r o n i o n a n d t h e i r o n i o n i s i n t h e m i d d l e o f t h e p o r p h y r i n H e m e i s i n s o l u b l e i n w a t e r a n d c a n b e c o m b i n e d w i t h h e m e b i n d i n g p r o t e i n s t o f o r m a c o m p l e x a n d b e t r a n s p o r t e d t o t h e l i v e r T h e p o r p h y r i n i s d e g r a d e d i n t o b i l i r u b i n a n d e x c r e t e d f r o m t h e b i l e d u c t a n d I r o n i n t h e m o l e c u l e c a n b e r e u s e d b y t h e b o d y I f v i r u s p r o t e i n s c a n b i n d t o t h e p o r p h y r i n o f t h e h e m e t h e y s h o u l d h a v e t h e s i m i l a r b i n d i n g a b i l i t y t o t h e h u m a n h e m e b i n d i n g p r o t e i n t h a t i s t h e v i r u s p r o t e i n s a n d h e m e b i n d i n g p r o t e i n s s h o u l d h a v e t h e s i m i l a r c o n s e r v e d d o m a i n s T o e x a m i n e t h e b i n d i n g o f v i r u s s t r u c t u r e p r o t e i n s a n d p o r p h y r i n t h e f o l l o w i n g b i o i n f o r m a t i c s m e t h o d s w e r e a p p l i e d i n t h i s p a p e r F i r s t M E M E s o n l i n e s e r v e r w a s e m p l o y e d t o s e a r c h f o r c o n s e r v e d d o m a i n s i n e a c h v i r a l s t r u c t u r e p r o t e i n a n d h u m a n h e m e b i n d i n g p r o t e i n I D N P 0 5 7 0 7 1 2 h e m e b i n d i n g p r o t e i n 1 I D E A W 4 7 9 1 7 1 h e m e b i n d i n g p r o t e i n 2 F i g u r e 2 p r e s e n t s t h a t t h r e e v i r a l p r o t e i n s s u r f a c e g l y c o p r o t e i n e n v e l o p e p r o t e i n a n d n u c l e o c a p s i d p h o s p h o p r o t e i n a n d h e m e b i n d i n g p r o t e i n s h a v e c o n s e r v e d d o m a i n s b u t m e m b r a n e g l y c o p r o t e i n d o n o t h a v e a n y c o n s e r v e d d o m a i n s p v a l u e v a l u e s a r e s m a l l t h e r e w e r e s t a t i s t i c a l l y s i g n i f i c a n t T h e d o m a i n s i n t h r e e v i r a l p r o t e i n s a r e d i f f e r e n t s u g g e s t i n g t h e s t r u c t u r a l p r o t e i n s a b i l i t y t o b i n d p o r p h y r i n m a y b e s l i g h t l y d i f f e r e n t M e m b r a n e g l y c o p r o t e i n c o u l d n o t b i n d t o t h e p o r p h y r i n