M o l e c u l a r d o c k i n g i s t h e p r o c e s s o f f i n d i n g t h e b e s t m a t c h i n g p a t t e r n b e t w e e n t w o o r m o r e m o l e c u l e s t h r o u g h g e o m e t r i c m a t c h i n g a n d e n e r g y m a t c h i n g T h e s t e p s f o r u s i n g L i b D o c k m o l e c u l a r d o c k i n g w i t h D i s c o v e r y S t u d i o a r e a s f o l l o w s 1 P r e p a r a t i o n o f a l i g a n d m o d e l O p e n a l i g a n d f i l e s u c h a s H E M a n d c l i c k P r e p a r e L i g a n d s i n t h e D o c k L i g a n d s s u b m e n u o f t h e R e c e p t o r L i g a n d I n t e r a c t i o n s m e n u t o g e n e r a t e a h e m e l i g a n d m o d e l f o r d o c k i n g F i r s t d e l e t e F E i r o n a t o m i n H E M a n d t h e n c l i c k t h e P r e p a r e L i g a n d s b u t t o n t h e n t h e p o r p h y r i n l i g a n d m o d e l w i l l b e g e n e r a t e d W i t h 0 X T i s o p e n e d c l i c k P r e p a r e L i g a n d s a g a i n t o g e t t h e c h l o r o q u i n e l i g a n d m o d e l 2 P r e p a r e a p r o t e i n r e c e p t o r m o d e l O p e n t h e p r o t e i n s p d b f i l e g e n e r a t e d b y h o m o l o g y m o d e l i n g a n d c l i c k P r e p a r e p r o t e i n i n t h e D o c k L i g a n d s s u b m e n u o f t h e R e c e p t o r L i g a n d I n t e r a c t i o n s m e n u t o g e n e r a t e a p r o t e i n r e c e p t o r m o d e l f o r d o c k i n g 3 S e t d o c k i n g p a r a m e t e r s t o a c h i e v e d o c k i n g S e l e c t t h e g e n e r a t e d p r o t e i n r e c e p t o r m o d e l F r o m t h e D e f i n e a n d E d i t B i n d i n g S i t e s u b m e n u s i n t h e R e c e p t o r L i g a n d I n t e r a c t i o n s m e n u c l i c k F r o m r e c e p t o r C a v i t i e s A r e d s p h e r e a p p e a r s o n t h e p r o t e i n r e c e p t o r m o d e l d i a g r a m A f t e r y o u r i g h t c l i c k t h e r e d b a l l y o u c a n m o d i f y t h e r a d i u s o f t h e r e d b a l l T h e n i n t h e R e c e p t o r L i g a n d I n t e r a c t i o n s m e n u s e l e c t D o c k L i g a n d s L i b D o c k i n t h e D o c k L i g a n d s s u b m e n u I n t h e p o p u p b o x s e l e c t t h e l i g a n d a s t h e n e w l y e s t a b l i s h e d l i g a n d m o d e l A L L a n d s e l e c t t h e r e c e p t o r a s t h e n e w l y e s t a b l i s h e d r e c e p t o r m o d e l A L L a n d t h e s i t e s s p h e r e a s t h e s p h e r e c o o r d i n a t e s j u s t e s t a b l i s h e d F i n a l l y c l i c k R U N t o s t a r t d o c k i n g 4 C a l c u l a t e t h e b i n d i n g e n e r g y a n d c h o o s e t h e p o s e w i t h t h e l a r g e s t b i n d i n g e n e r g y A f t e r d o c k i n g i s c o m p l e t e m a n y l o c a t i o n s o f l i g a n d w i l l b e d i s p l a y e d O p e n t h e d o c k e d v i e w a n d c l i c k t h e C a c u l a t e B i n d i n g E n e r g i e s b u t t o n i n t h e D o c k L i g a n d s s u b m e n u o f t h e R e c e p t o r L i g a n d I n t e r a c t i o n s m e n u I n t h e p o p u p b o x s e l e c t t h e r e c e p t o r a s t h e d e f a u l t v a l u e s e l e c t l i g a n d a s t h e d o c k e d m o d e l A L L a n d t h e n s t a r t t o c a l c u l a t e t h e b i n d i n g e n e r g y F i n a l l y c o m p a r e t h e b i n d i n g e n e r g y a n d c h o o s e t h e p o s e w i t h t h e l a r g e s t b i n d i n g e n e r g y T h e b e t t e r t h e s t a b i l i t y o f t h e c o m p l e x t h e g r e a t e r t h e b i n d i n g e n e r g y 5 E x p o r t t h e j o i n t s e c t i o n v i e w F o r t h e d o c k e d v i e w a f t e r s e t t i n g t h e d i s p l a y s t y l e o f t h e b i n d i n g a r e a c l i c k t h e S h o w 2 D M a p b u t t o n i n t h e V i e w I n t e r a c t i o n s u b m e n u o f t h e R e c e p t o r L i g a n d I n t e r a c t i o n m e n u t o p o p u p t h e v i e w o f t h e b i n d i n g s e c t i o n T h i s v i e w c a n b e s a v e d a s a p i c t u r e f i l e 2 6 P r o t e i n d o c k i n g t e c h n o l o g y D i s c o v e r y S t u d i o s Z D O C K i s a n o t h e r m o l e c u l a r d o c k i n g t o o l f o r s t u d y i n g p r o t e i n i n t e r a c t i o n s W e u s e d i t t o s t u d y t h e a t t a c k o f h e m o g l o b i n b y v i r a l n o n s t r u c t u r a l p r o t e i n s T h e f o l l o w i n g i s t h e d o c k i n g o f o r f 1 a b a n d h e m o g l o b i n a n d o t h e r d o c k i n g m e t h o d s w i t h v i r u s n o n s t r u c t u r a l p r o t e i n s a r e t h e s a m e A f t e r o p e n i n g t h e P B D f i l e s o f H u m a n O x y H e m o g l o b i n 6 b b 5 a n d o r f 1 a b p r o t e i n c l i c k t h e D o c k p r o t e i n s Z D O C K b u t t o n o f D o c k a n d A n a l y z e P r o t e i n C o m l e x e s u n d e r t h e m a c r o m o l e c u l e s m e n u I n t h e p o p u p i n t e r f a c e s e l e c t H u m a n O x y H e m o g l o b i n 6 b b 5 a s t h e r e c e p t o r o r f 1 a a s t h e l i g a n d a n d t h e n c l i c k t h e R u n b u t t o n A f t e r t h e c o m p u t e r f i n i s h e s c o m p u t i n g c l i c k o n t h e p r o t e i n p o s e i n t e r f a c e a n d s e l e c t t h e p o s e a n d c l u s t e r w i t h t h e h i g h e s t Z D O C K s c o r e I t c o u l d o b t a i n t h e p o s i t i o n o f o r f 1 a b o n H u m a n O x y H e m o g l o b i n 6 b b 5 D e l o x y H U M A N H E M O G L O B I N 1 a 3 n h a s a s i m i l a r d o c k i n g p a t t e r n w i t h o r f 1 a b p r o t e i n 3 R E S U L T S 3 1 V i r u s s t r u c t u r a l p r o t e i n s b i n d i n g p o r p h y r i n