F i g u r e 1 F l o w v i e w o f B i o i n f o r m a t i c s A n a l y s i s T h e w o r k f l o w i s b a s e d o n e v o l u t i o n a r y p r i n c i p l e s A l t h o u g h t h e b i o l o g i c a l s e q u e n c e c h a r a c t e r i s t i c o f a d v a n c e d l i f e f o r m s a n d v i r a l i s d i f f e r e n t m o l e c u l e s w i t h s i m i l a r s t r u c t u r e s c a n a l w a y s a c h i e v e s i m i l a r b i o l o g i c a l r o l e s T h e h o m o l o g y m o d e l i n g m e t h o d u s e s t h e p r i n c i p l e t h e s i m i l a r p r i m a r y s t r u c t u r e o f p r o t e i n s e q u e n c e s h a s a s i m i l a r s p a t i a l s t r u c t u r e M o l e c u l a r d o c k i n g t e c h n o l o g y i s b u i l t o n h o m o l o g y m o d e l i n g o r r e a l l y t h r e e d i m e n s i o n a l m o l e c u l a r 2 3 A n a l y s i s o f c o n s e r v e d d o m a i n M E M E S u i t e i s a n o n l i n e w e b s i t e t h a t i n t e g r a t e s m a n y t o o l s o f p r e d i c t i n g a n d a n n o t a t i o n m o t i f T h e m a x i m u m e x p e c t a t i o n E M a l g o r i t h m i s t h e b a s i s f o r M E M s i d e n t i f i c a t i o n o f t h e m o t i f T h e m o t i f i s a c o n s e r v e d d o m a i n o f a s m a l l s e q u e n c e i n a p r o t e i n M o t i f b a s e d m o d e l s c o u l d a s s e s s t h e r e l i a b i l i t y o f p h y l o g e n e t i c a n a l y s i s A f t e r o p e n i n g t h e o n l i n e t o o l M E M E t h e p r o t e i n s e q u e n c e s o f i n t e r e s t a r e m e r g e d i n t o a t e x t f i l e a n d t h e f i l e f o r m a t r e m a i n s f a s t a T h e n s e l e c t t h e n u m b e r o f m o t i f s y o u w a n t t o f i n d a n d c l i c k t h e G o b u t t o n A t t h e e n d o f t h e a n a l y s i s t h e c o n s e r v e d d o m a i n s a r e d i s p l a y e d a f t e r c l i c k i n g t h e l i n k 2 4 H o m o l o g y m o d e l i n g S W I S S M O D E L i s a f u l l y a u t o m a t i c h o m o l o g y m o d e l i n g s e r v e r f o r p r o t e i n s t r u c t u r e w h i c h c a n b e a c c e s s e d t h r o u g h a w e b s e r v e r T h e f i r s t s t e p i s t o e n t e r t h e S w i s s m o d e l e n t e r t h e s e q u e n c e a n d c l i c k S e a r c h T e m p l a t e t o p e r f o r m a s i m p l e t e m p l a t e s e a r c h A f t e r t h e s e a r c h i s c o m p l e t e d y o u c a n c h o o s e a t e m p l a t e f o r m o d e l i n g A t e m p l a t e s e a r c h w i l l b e p e r f o r m e d c l i c k i n g B u i l d M o d e l a n d a t e m p l a t e m o d e l i s c h o s e n a u t o m a t i c a l l y A s c a n b e s e e n s e v e r a l t e m p l a t e s w e r e s e a r c h e d a n d t h e n n u m e r o u s m o d e l s w e r e b u i l t J u s t a m o d e l i s c h o s e n h e r e T h e m o d e l i n P D B f o r m a t i s d o w n l o a d e d a n d v i s u a l i z e d i n V M D S W I S S M O D E L o n l y m o d e l s p r o t e i n m o d e l s w i t h s e q u e n c e l e n g t h s l e s s t h a n 5 0 0 0 n t Y o u c a n u s e D i s c o v e r y S t u d i o s h o m o l o g y m o d e l i n g t o o l t o m o d e l w h e r e t h e p r o t e i n s e q u e n c e e x c e e d s 5 0 0 0 n t B e f o r e u s i n g D i s c o v e r y S t u d i o t o m o d e l h o m o l o g y o f a n u n k n o w n p r o t e i n s u c h a s o r f 1 a b t h e p d b s t r u c t u r e f i l e o f t h e t e m p l a t e p r o t e i n s u c h a s M E R S C o V n s p 1 0 n s p 1 6 c o m p l e x 5 y n 5 s h o u l d b e d o w n l o a d e d f r o m t h e P D B d a t a b a s e N e x t t h e s e q u e n c e a l i g n m e n t t o o l o f D i s c o v e r y S t u d i o i s u t i l i z e d t o a l i g n h o m o l o g o u s s e q u e n c e s b e t w e e n 5 y n 5 a n d o r f 1 a b T h e n t h e s p a t i a l s t r u c t u r e f i l e o f o r f 1 a b w a s c o n s t r u c t e d b a s e d o n t h e t e m p l a t e p r o t e i n 5 y n 5 2 5 M o l e c u l a r d o c k i n g t e c h n o l o g y