F o r o x i d i z e d h e m o g l o b i n o r f 1 a b p a r k e d i n t h e m i d d l e b o t t o m o f t h e a l p h a a n d b e t a c h a i n a n d c l o s e d t o t h e a l p h a c h a i n F i g u r e 1 0 A O R F 1 0 p a r k e d b e l o w o f t h e b e t a c h a i n a n d n e a r e d t o t h e o u t e r F i g u r e 1 0 B O R F 3 a p a r k e d i n t h e m i d d l e b o t t o m o f t h e a l p h a a n d b e t a c h a i n a n d n e a r e d t o t h e b e t a c h a i n F i g u r e 1 0 C T h e p o s s i b l e m e c h a n i s m w a s t h a t o r f 1 a b b o u n d t o t h e a l p h a c h a i n a n d a t t a c k e d t h e b e t a c h a i n c a u s i n g c o n f i g u r a t i o n a l c h a n g e s i n t h e a l p h a a n d b e t a c h a i n s O R F 3 a t t a c k e d t h e b e t a c h a i n a n d e x p o s e d h e m e O R F 1 0 q u i c k l y a t t a c h e d t h e b e t a c h a i n a n d d i r e c t l y i m p a c t e d t h e i r o n a t o m s o n t h e h e m e o f t h e b e t a c h a i n T h e h e m e w a s d i s s o c i a t e d i n t o p o r p h y r i n a n d o r f 1 a b f i n a l l y c a p t u r e d p o r p h y r i n o r f 1 a b p l a y e d a v i t a l r o l e t h r o u g h o u t t h e a t t a c k A t t a c k o f o x i d i z e d h e m o g l o b i n b y v i r a l p r o t e i n s w i l l l e a d t o l e s s a n d l e s s h e m o g l o b i n t h a t c a n c a r r y o x y g e n T h e i n v a s i o n o f v i r a l p r o t e i n s o n d e o x i d i z e d h e m o g l o b i n w i l l c a u s e l e s s a n d l e s s h e m o g l o b i n t h a t c a n c a r r y c a r b o n d i o x i d e a n d b l o o d s u g a r P e o p l e w i t h d i a b e t e s c a n h a v e u n s t a b l e b l o o d s u g a r T h e p a t i e n t i s a g g r a v a t e d b y c a r b o n d i o x i d e p o i s o n i n g T h e l u n g c e l l s h a v e e x t r e m e l y i n t e n s e i n f l a m m a t i o n d u e t o t h e i n a b i l i t y t o e x c h a n g e c a r b o n d i o x i d e a n d o x y g e n f r e q u e n t l y w h i c h e v e n t u a l l y r e s u l t s i n g r o u n d g l a s s l i k e l u n g i m a g e s P a t i e n t s w i t h r e s p i r a t o r y d i s t r e s s w i l l b e m a d e w o r s e 3 4 V a l i d a t i o n f o r t h e e f f e c t o f c h l o r o q u i n e p h o s p h a t e T h e c h e m i c a l c o m p o n e n t s i n c h l o r o q u i n e p h o s p h a t e c o m p e t e w i t h t h e p o r p h y r i n a n d b i n d t o t h e v i r a l p r o t e i n t h e r e b y i n h i b i t i n g t h e v i r a l p r o t e i n s a t t a c k o n h e m e o r b i n d i n g t o t h e p o r p h y r i n T o v e r i f y t h e e f f e c t o f c h l o r o q u i n e p h o s p h a t e o n t h e v i r a l m o l e c u l a r m e c h a n i s m o f a c t i o n m o l e c u l a r d o c k i n g t e c h n o l o g y w a s a c c e p t e d T h e s t r u c t u r e f i l e o f 0 T X c h l o r o q u i n e w a s d o w n l o a d e d f r o m t h e P D B d a t a b a s e T h e n m o l e c u l a r d o c k i n g t e c h n o l o g y o f D i s c o v e r y S t u d i o 2 0 1 6 w a s u s e d t o t e s t t h e e f f e c t s o f v i r a l p r o t e i n s a n d c h l o r o q u i n e F i g u r e 1 1 A 1 i s a s c h e m a t i c d i a g r a m o f b i n d i n g c h l o r o q u i n e t o a v i r u s s u r f a c e g l y c o p r o t e i n F i g u r e 1 1 A 2 i s t h e b i n d i n g r e g i o n o f v i r u s s u r f a c e g l y c o p r o t e i n 1 3 a m i n o a c i d s e n g a g e d i n t h e b i n d i n g T h e b i n d i n g e n e r g y o f c h l o r o q u i n e t o t h e E 2 g l y c o p r o t e i n o f t h e v i r u s i s 3 3 2 5 3 2 2 8 2 9 6 4 k c a l m o l w h i c h i s a b o u t h a l f t h e b i n d i n g e n e r g y o f t h e E 2 g l y c o p r o t e i n a n d t h e p o r p h y r i n A c c o r d i n g t o t h e r e s u l t s o f F i g u r e 4 A 2 f u r t h e r a n a l y s i s s h o w e d t h a t s o m e a m i n o a c i d s f o r e x a m p l e V A L A 9 5 2 A L A A 9 5 6 A L A B 9 5 6 A S N A 9 5 5 e t c o f t h e E 2 g l y c o p r o t e i n c o u l d b i n d t o n o t o n l y c h l o r o q u i n e p h o s p h a t e b u t a l s o t h e p o r p h y r i n s I n o t h e r w o r d s t h e c h l o r o q u i n e h a s a o n e t h i r d c h a n c e o f i n h i b i t i n g v i r a l E 2 g l y c o p r o t e i n a n d r e d u c i n g p a t i e n t s y m p t o m s T h e b i n d i n g v i e w o f t h e c h l o r o q u i n e a n d e n v e l o p e p r o t e i n i s s h o w n i n F i g u r e 1 1 B 1 T h e b i n d i n g e n e r g y o f t h e c h l o r o q u i n e a n d e n v e l o p e p r o t e i n i s 7 8 5 2 5 8 k c a l m o l w h i c h i s o n l y e q u i v a l e n t t o 4 o f t h e b i n d i n g e n e r g y o f e n v e l o p e p r o t e i n a n d p o r p h y r i n T h e b i n d i n g r e g i o n i s s h o w n i n F i g u r e 1 1 B 2 F i g u r e 4 B 2 a n d F i g u r e 1 1 B 2 r e p r e s e n t e d s o m e a m i n o a c i d s s u c h a s L E V E 2 8 P H E D 2 0 V A L E 2 5 o f t h e e n v e l o p e p r o t e i n i s n o t o n l y b o u n d t o t h e c h l o r o q u i n e p h o s p h a t e b u t a l s o t o t h e p o r p h y r i n F i g u r e 1 1 C 1 i s a s c h e m a t i c d i a g r a m o f b i n d i n g t h e c h l o r o q u i n e t o t h e n u c l e o c a p s i d p h o s p h o p r o t e i n T h e b i n d i n g e n e r g y o f c h l o r o q u i n e t o t h e n u c l e o c a p s i d p h o s p h o p r o t e i n i s 1 9 8 8 1 5 2 2 k c a l m o l w h i c h i s o n l y e q u i v a l e n t t o t h e 1 4 o f t h e b i n d i n g e n e r g y o f t h e n u c l e o c a p s i d p h o s p h o p r o t e i n a n d t h e p o r p h y r i n A L A A 5 0 e t c o f n u c l e o c a p s i d p h o s p h o p r o t e i n a r e i n v o l v e d i n b i n d i n g F i g u r e 1 2 C 2 F i g u r e s 4 C 2 a n d F i g u r e s 1 1 C 2 d e c l a r e d t h a t a m i n o a c i d s o f n u c l e o c a p s i d p h o s p h o p r o t e i n c o u l d b i n d t h e p o r p h y r i n b u t c o u l d n o t b i n d c h l o r o 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