C o n s e r v e d d o m a i n s o f O R F 7 a E C o n s e r v e d d o m a i n s o f O R F 8 F C o n s e r v e d d o m a i n s o f O R F 1 0 H o m o l o g y m o d e l i n g a n d m o l e c u l a r d o c k i n g t e c h n o l o g y w e r e a p p l i e d t o s t u d y t h e c h a r a c t e r i s t i c s o f o r f 1 a b p r o t e i n s a b i l i t y t o b i n d h e m e B e c a u s e s w i s s m o d e l c a n n o t m o d e l t h e 3 D s t r u c t u r e o f o r f 1 a b p r o t e i n s e q u e n c e w i t h a s e q u e n c e l e n g t h e x c e e d i n g 5 0 0 0 n t D i s c o v e r y S t u d i o w a s u s e d t o h o m o l o g y m o d e l i n g T h e c r y s t a l s t r u c t u r e o f M E R S C o V n s p 1 0 n s p 1 6 c o m p l e x 5 y n 5 a n d h e m e w e r e d o w n l o a d e d f r o m t h e P D B d a t a b a s e I n t h i s s t u d y t h e c r y s t a l s t r u c t u r e o f M E R S C o V n s p 1 0 n s p 1 6 c o m p l e x 5 y n 5 w a s s e t a s a t e m p l a t e t o c r e a t e a h o m o l o g o u s s t r u c t u r e o f o r f 1 a b p r o t e i n T h e d e f a u l t h o m o l o g o u s s t r u c t u r e w a s s e l e c t e d a s t h e o r f 1 a b p r o t e i n 3 D s t r u c t u r e F i g u r e 3 D T h e n m o l e c u l a r d o c k i n g o f o r f 1 a b p r o t e i n a n d p o r p h y r i n w a s f i n i s h e d b y D i s c o v e r y S t u d i o o r f 1 a b p r o t e i n a n d h e m e c o u l d n o t c o m p l e t e t h e d o c k i n g e x p e r i m e n t b u t b y r e m o v i n g i r o n i o n s t o m a k e h e m e i n t o a p o r p h y r i n a n d t h e r a d i u s o f a c t i o n i n c r e a s e d t h e n s e v e r a l t y p e s o f d o c k i n g w e r e c o m p l e t e d B y c a l c u l a t i n g t h e b i n d i n g e n e r g y a d o c k i n g m o d e l w i t h t h e h i g h e s t b i n d i n g e n e r g y 5 6 1 5 7 1 1 0 k c a l m o l w a s s e l e c t e d T h e d o c k i n g r e s u l t i s s h o w n i n F i g u r e 7 A 1 w h e r e i s t h e m o l e c u l a r m o d e l o f t h e o r f 1 a b p r o t e i n b i n d i n g t o t h e p o r p h y r i n T h e b i n d i n g p a r t o f t h e o r f 1 a b p r o t e i n a c t s l i k e a c l i p I t w a s t h i s c l i p t h a t g r a s p s t h e p o r p h y r i n w i t h o u t t h e i r o n i o n F i g u r e 7 A 2 s h o w s a t w o d i m e n s i o n a l v i e w o f t h e b i n d i n g s e c t i o n I t c a n b e s e e n t h a t 1 8 a m i n o a c i d s o f t h e o r f 1 a b p r o t e i n a r e b o u n d t o t h e p o r p h y r i n T o s t u d y t h e b i n d i n g p r o p e r t i e s o f O R F 8 p r o t e i n t o h e m e t h e s a m e a n a l y s i s s t e p s a s t h e s t r u c t u r a l p r o t e i n m e t h o d w e r e u s e d T h e s t r u c t u r e f i l e w a s c r e a t e d b a s e d o n t h e O R F 7 t e m p l a t e F i g u r e 3 E S e v e r a l k i n d s o f d o c k i n g o f t h e O R F 8 p r o t e i n a n d t h e p o r p h y r i n w h e r e t h e d o c k i n g p o s e w i t h t h e h i g h e s t b i n d i n g e n e r g y 1 2 8 0 4 8 5 9 2 5 k c a l m o l w a s s e l e c t e d T h e d o c k i n g r e s u l t F i g u r e 7 B 1 r e p r e s e n t s t h e m o l e c u l a r m o d e l o f O R F 8 p r o t e i n b i n d i n g t o t h e p o r p h y r i n F i g u r e 7 B 2 i s t h e t w o d i m e n s i o n a l v i e w o f t h e b i n d i n g s e c t i o n w h e r e 1 8 a m i n o a c i d s o f t h e O R F 8 a r e b o u n d t o t h e p o r p h y r i n S a m e m e t h o d s o f O R F 8 p r o t e i n w e r e u s e d t o a n a l y z e t h e O R F 7 a p r o t e i n T h e O R F 7 a s t e m p l a t e i s 1 y o 4 1 A F i g u r e 3 F T h e O R F 7 a p r o t e i n a n d t h e p o r p h y r i n h a d t h e h i g h e s t b i n d i n g e n e r g y 3 7 1 2 3 7 9 k c a l m o l F i g u r e 7 C 1 s h o w s t h e m o l e c u l a r m o d e l o f t h e O R F 7 a b i n d s t o t h e p o r p h y r i n F i f t e e n a m i n o a c i d s o f t h e O R F 7 a a r e b o u n d t o t h e p o r p h y r i n F i g u r e 7 C 2 T h e b i n d i n g p a r t o f t h e O R F 7 a p r o t e i n a l s o a c t s l i k e a c l i p S w i s s m o d e l c o u l d n o t p r o v i d e t h e t e m p l a t e f o r O R F 1 0 O R F 6 a a n d O R F 3 a a r e d e r i v e d f r o m t e m p l a t e s 3 h 0 8 1 A a n d 2 m 6 n 1 A r e s p e c t i v e l y b u t t h e d o c k i n g o f O R F 6 a O R F 3 a w i t h h e m e a n d p o r p h y r i n f a i l e d